Orglet i Lystrup kirke blev taget i brug søndag den 3. december 1989 - samtidig med selve kirken.
Det er bygget af firmaet Th. Frobenius og Sønner og har 21 stemmer. Organist John Horsner fra Sct. Lukas kirke i Århus stod for disponeringen af orglet, og denne er lykkedes overordentlig godt.
Det er således muligt at spille musik både fra barokken og romantikken på fuldt tilfredsstillende vis.
I foråret 1991 blev orglet udstyret med et setzer-registrerings-anlæg. Det fungerer som en hukommelse, hvor man kan lagre forskellige registerblandinger og kalde disse frem ved et tryk på en knap.
